Когда Эйприл приобретает загадочный антиквариат в виде японского скипетра, она и не подозревает, что этот предмет откроет двери в прошлое. Скипетр оказывается устройством для перемещения во времени, но с непростым условием: вес путешественников должен быть равным с обеих сторон временного барьера. Неожиданно Эйприл оказывается в феодальной Японии 1603 года, и четвёрка отважных черепашек-ниндзя тут же спешит ей на помощь. Однако вместо ожидаемого храма, где, как они думали, находился скипетр, черепашки внезапно попадают в центр ожесточённого боя. В хаосе сражения Микеланджело теряется со спасительным артефактом, усложняя задачу команды. Теперь нашим героям предстоит не только найти и вернуть Эйприл назад в их время, но и разыскать утерянный скипетр. Этот квест оказывается непростым: они сталкиваются с культурными различиями, языковыми барьерами и древними самурайскими кодексами чести. Тем временем, в современном мире, происходят свои испытания: те, кто остались, пытаются понять устройство мистического скипетра и следят за тем, чтобы восстановление временного потока прошло гладко. Черепашкам приходится действовать быстро, смело и расчетливо, чтобы вернуть всех домой и предотвратить опасность изменения истории.